媒體報導，服務貿易簽訂定後，陸資只要二十萬美金即可來臺設點投資中藥產業，將影響台灣中藥商經營及生存。衛生福利部澄清，兩岸服務貿易協議只開放大陸資金來台投資，其他相關管理規範仍應符合藥事法規定。陸資依據「大陸地區人民來臺投資許可辦法」來台投資中藥批發業，政府依法將嚴格審查投資個案，除事前須經經濟部投資審查委員會逐案個案審查同意外，並應依我國藥事法規定，聘用臺灣中醫師、藥師或藥劑生駐店管理，才可依法申請販賣業藥商許可執照，並非如媒體報導陸資只要二十萬美金即可來臺設點。對於陸資來臺投資中藥批發業，政府亦有後續稽查管制機制，不容發現市場壟斷情形，倘有市場壟斷跡象，經濟部將會同公平會依據「公平交易法」及「大陸地區人民來臺投資許可辦法」第8條第2項規定處理，並得禁止其投資。自98年開放中藥批發業迄今，並未發生妨?台灣業者之競爭情形與發生負面衝擊影響。
為提升中藥產業競爭力，衛生福利部後續仍將協同行政院相關部會與業者溝通及進行產業體質調整升級相關配套方案，促進產業競爭力提升，並密切觀察開放陸資對國內中藥業之影響。倘對我產業造成實質衝擊，將進行「海峽兩岸服務貿易協議」第8條磋商機制，並採取產業救濟輔導等因應措施。