依醫療法第18條第2項規定，醫療機構負責醫師，應在中央主管機關指定醫院或診所接受二年以上醫師訓練，並取得證明文件，才符合資格。過去，由於大多數中醫師選擇於診所接受訓練，礙於師資與設備，無法落實訓練目的，影響中醫臨床訓練品質的提升。
爰此，本部於97年先行公告「中醫醫療機構負責醫師訓練課程基準」，並於99年9月24日公告：自103年起，欲擔任中醫醫療機構負責醫師者，須經教學醫院評鑑合格之中醫部門或經本部指定辦理之中醫醫院，接受2年負責醫師訓練，始得擔任；本項制度已於今(103)年1月1日正式實施。
為輔導符合訓練資格之醫院熟悉本項制度，本部前於98年開始推動「中醫醫療機構負責醫師訓練計畫」，推動新進中醫師應接受中醫內科、婦科、兒科、針灸、傷科臨床診療能力及西醫一般醫學、急診訓練等8部分訓練。自98年至102年，已輔導73家訓練醫院，培訓指導醫師592人、培訓指導藥師296人，這些工作已為本項制度之實施建立良好基石。目前，全國計有72家機構可接受剛畢業之中醫師申請負責醫師之訓練，訓練容額足敷需求。
本制度的推動，宣告我國中醫師臨床訓練正式邁入制度化軌道，且將循西醫師臨床訓練模式，逐步踏向中醫住院及專科醫師訓練，這些制度的推動，對增進我國中醫師未來之競爭力，將指日可期。