台灣中藥材近九成來自境外輸入，加上國人藥食同源的觀念與藥膳食補盛行，政府為做好中藥材品質把關，自101年8月1日起實施中藥材邊境查驗制度，將紅棗、黃耆、當歸、甘草、地黃、川芎、茯苓、白芍、白朮及杜仲等10項進口量大之中藥材，列屬應實施進口檢驗項目。進口前述中藥材時，應檢附檢驗合格證明文件報關，經查驗合格後方可輸入；對於經查驗不合格者，也在海關予以退運或銷毀，阻隔不良中藥材進入國內市場。
為逐步完備中藥材邊境管理，衛生福利部已於今(2015)年4月20日公告修正「應施輸入查驗中藥材之相關查驗規定」，擴大指定中藥材邊境查驗品項，並自5月5日起實施。本次增修訂中藥材邊境查驗規範如下：須實施書面審查中藥材項目：紅棗、黃耆、當歸、甘草、地黃、茯苓、川芎、白芍、杜仲、白朮、肉桂(含桂枝)、柴胡、黃芩、半夏、牛膝及大黃等16項；實施書面審查及抽批查驗中藥材項目：紅棗、黃耆、當歸、甘草、地黃、茯苓、川芎、白芍、杜仲及白朮等10項。
衛生福利部表示，中藥材於栽種過程中，極易受大自然環境與人為等因素汙染影響其品質。該部除對輸入進口之中藥材進行查驗把關外，也不定期對市售產品進行抽驗檢測，加強風險管控，以確保中藥使用之安全。衛生福利部也再次呼籲民眾，不要購買來路不明的中藥材；使用中藥材前，應經過適當的清洗程序，以減少栽種或儲存過程所殘留的污穢物質。