由於中藥材源自然環境，易受土壤或人為因素影響，存有重金屬、農藥殘留、微生物污染等問題，其風險管控課題應予重視。本部自101年8月施行中藥材邊境查驗，凡經指定公告品項之中藥材，輸入通關時均須檢附符合我國標準之檢驗成績書，並抽批檢驗，合格後方得進入國內市場。104年共受理3,164件中藥材報驗通關案，總計1萬2,846公噸，其檢附之檢驗證明文件，均符合我國異常物質限量標準。為監測市售中藥材品質，本部及各縣市衛生局，每年皆不定期進行市售品抽驗，以保障消費者用藥安全，104年已完成229件中藥製劑與367件中藥材抽驗；檢驗結果計1件中藥製劑微生物不合格、2件中藥材不合格，其餘檢驗均合格。至於違規產品部分，則由衛生局依藥事法進行查處。
在中藥藥事服務方面，中藥調劑目前除由中醫師執行外，修習中藥課程達適當標準之藥師亦可執行。由於中、西藥產業規模不一、健保藥事服務給付差異及中藥臨床實務訓練不足等因素，多數藥師選擇西藥藥事服務執業，導致中藥專業藥事人力缺乏。在新的一年，本部仍持續積極與各界溝通中藥專業人員教考訓用制度之規劃建立，與健全中藥執業環境，完備中醫、中藥專業合作分工體制。
不管是原料藥材或其製劑，對於原料、製造過程及其產品之衛生品質標準，本部也參考國際規範與作法，進行滾動式檢討及後市場監測。105年將接續推動臺灣中藥典編修工作，擴充中西藥交互作用資料庫及中藥不良反應通報系統功能，提供製藥業界與醫事人員臨床處方用藥參考，協助為民眾用藥安全把關，保障國人健康。
又據本部「建構中醫藥就醫用藥安全衛生教育模式」研究計畫指出，約有八成民眾最近一年內有購買中藥經驗，如果在缺乏正確用藥觀念下，可能造成重複過量的使用藥物，或甚至因誤用、混用及中西藥交互作用等因素影響健康。故本部於105年的衛生教育宣導主軸，也將「中藥用藥安全宣導」列為重點工作之一，藉由網路、本部已建立之16家衛生教育資源中心及各衛生醫療單位的衛教資源，對社區各群族與校園群眾宣導中醫就醫用藥5大核心能力：停、看、聽、選、用【(停)停止不當看病、購藥及用藥行為，(看)看病請找合格中醫師診治，並應向醫師說清楚，(聽)聽專業醫藥師說明，(選)選購安全、有效中醫藥品，(用)用中藥時應遵醫囑講方法】，以促國人健康識能與行為的配合，達到正確之就醫用藥與自我保健行為。